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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  36 lines
  1. ***************************************************************
  2. * Enterobacterial virulence outer membrane protein signatures *
  3. ***************************************************************
  4.  
  5. A number  of enterobacterial outer  membrane  proteins  which  are involved in
  6. virulence and seem to promote  the invasion of bacteria into  eukaryotic cells
  7. have been  shown [1,2]  to be structurally related.  These proteins are listed
  8. below.
  9.  
  10.  - Enterobacter cloacae outer membrane protein X (gene ompX).
  11.  - Salmonella typhimurium virulence membrane protein pagC.
  12.  - Yersinia enterocolitica attachment invasion locus protein (gene ail).
  13.  - Bacteriophage lambda outer membrane protein lom.  Lom  is  expressed during
  14.    lysogeny in Escherichia coli.
  15.  - Escherichia coli hypothetical protein ybiG.
  16.  
  17. These outer membrane  proteins  have from 150 to 170  amino  acid residues and
  18. their sequences are well conserved.  We selected the two most highly conserved
  19. regions as signature patterns. The  first pattern is located in the N-terminal
  20. section of these proteins; the second is located at the C-terminal extremity.
  21.  
  22. -Consensus pattern: G-[LIVMFY]-N-[LIVM]-K-Y-R-Y-E
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [FYW]-x(2)-G-x-G-Y-[KR]-F>
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Last update: June 1994 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] van de Klundert J.A.M.
  33.      J. Bacteriol. 173:156-160(1991).
  34. [ 2] Pulkkinen W.S., Miller S.I.
  35.      J. Bacteriol. 173:86-93(1991).
  36.